تمثل البرامج الأكاديمية في مدينة الملك عبدالعزيز الطبية، التابعة للشئون الصحية بالحرس الوطني، النواة الأولى لجامعة الملك سعود بن عبدالعزيز للعلوم الصحية. ومع النمو المتسارع لهذه البرامج، وما أثمرت عنه من نتائج ايجابية في توفير وتأهيل كوادر سعودية في مختلف التخصصات في المجالات الطبية والعلوم الصحية، وجه خادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز – حفظه الله – في الخامس من شهر صفر 1426هـ الموافق السادس من شهر مارس 2005م بإنشاء الجامعة، ولتكون بذلك أول جامعة عربية متخصصة في مجال الطب والعلوم الصحية.

المقر الرئيسي للجامعة في الرياض، ولها فرع في جدة وفرع في الأحساء. وقد تشرفت الجامعة في التاسع من جمادى الأولى 1429هـ الموافق الثالث عشر من مايو 2008م، بتفضل خادم الحرمين الشريفين – حفظه الله – بوضع حجر الأساس لمشاريع المدن الجامعية للجامعة في كل الرياض وجدة والأحساء.

وتندرج الجامعة تحت مظلة الجامعات الحكومية، التي تعمل وفقا للوائح وأنظمة مجلس التعليم العالي، لكن ارتباطها بالشئون الصحية بالحرس الوطني منحها الفرصة للاستفادة من ثلاث مدن الملك عبدالعزيز الطبية في كل من الرياض وجدة والأحساء لدعم مناهجها وبرامجها الأكاديمية ببرامج تدريبية وتطبيقات ميدانية في مدن طبية تطبق أفضل المعايير العالمية، وتوفر بيئة أكاديمية متميزة وفريدة تعد استمرارا للمراحل الدراسية الأولية ليتم الطالب تطبيقه تحت إشراف أعضاء هيئة التدريس ذو كفاءة عالية.