تقدم جامعة الملك سعود بن عبدالعزيز للعلوم الصحية خمسة برامج للماجستير هي:

• ماجستير التعليم الطبي  - كلية الطب – الرياض
  يهدف البرنامج إلى تأهيل كوادر مؤهلة لتقديم المشورة العلمية لأعضاء هيئة التدريس، ولجان المناهج وإدارات الكليات المتعلقة بالمجال الطبي. كما يسعى البرنامج إلى صقل التجارب والخبرات العالمية في التدريس باستخدام الطرق ذات الجودة العالية واستخدام أساليب الجودة الشاملة في التعليم الطبي، وتطبيق برامج الجودة النوعية، وتطبيق الطرق الحديثة في التعليم الطبي مثل "التعليم المبني على حل المشكلات Problem Based Learning". يستمر البرنامج لمدة أربعة فصول دراسية (سنتان أكاديميتان) حيث تغطى الوحدات الدراسية والمقررات في الفصول الدراسية (1-3) بينما تغطى الأطروحة خلال الفصلين الدراسيين (3-4) ويبلغ مجموع الساعات المعتمدة (35) ساعة.
  
  
  
• ماجستير المعلوماتية الصحية - كلية الصحة العامة والمعلوماتية الصحية
  يسعى البرنامج إلى بناء كوادر وطنية عالية التأهيل في مجال تصميم و تطوير وتطبيق نظم المعلوماتية الصحية، إضافة إلى إعطاء الاستشارات الإدارية والتقنية لمؤسسات القطاع الصحي، وإيجاد مؤهلين على درجة عالية من المهارة والمعرفة الإدارية و التطبيقات الحديثة لتقنية و نظم المعلوماتية الصحية لتولي الوظائف الإشرافية و القيادية في هذه المؤسسات.  هذا بالإضافة إلى نقل وتوطين المعرفة والتقنية الإدارية لتقنية و نظم المعلوماتية الصحية محليا. من خلال تغطية النقص الشديد في الكفاءات المتخصصة في مجال تقنية المعلومات الصحية. و يسهم خريجو هذا البرنامج في إدارة وتطوير وتطبيق تقنية المعلومات الصحية في المستشفيات والمراكز الصحية وحل المشاكل التي قد تعيق تقدم تقنية المعلومات الصحية والاستفادة منها. ويضم هذا البرنامج ، الذي يعتبر أول برنامج متخصص في تقنية المعلومات الصحية في المملكة العربية السعودية ، نخبة من أعضاء هيئة التدريس الحاصلين على درجة الدكتوراه من جامعات عالمية مرموقة في مجالي المعلوماتية الصحية والحاسب الآلي. وتعتمد الدراسة في البرنامج على مسار المقررات الدراسية المبنية على المعايير العالمية المتخصصة في مجال تعليم المعلوماتية الصحية كمعايير IMIA و AHIMA، ويقضي الطالب أربعة فصول دراسية على الأقل. وتبلغ عدد الوحدات الدراسية اثنين وأربعين وحدة من مقررات الدراسات العليا.
  
  
  
• ماجستير إدارة الأنظمة والجودة - كلية الصحة العامة والمعلوماتية الصحية
  يهدف البرنامج إلى إعداد كوادر وطنية عالية التأهيل في مجال تصميم و تطوير و تطبيق إدارة الأنظمة الصحية والجودة الصحية، إضافة إلى إعطاء الاستشارات الإدارية والتقنية لمؤسسات القطاع الصحي، وإيجاد مؤهلين على درجة عالية من المهارة والمعرفة الإدارية و التطبيقات الحديثة للأنظمة والجودة الصحية لتولي الوظائف الإشرافية والقيادية في هذه المؤسسات. هذا بالإضافة إلى نقل وتوطين المعرفة والتقنية الإدارية للأنظمة والجودة الصحية محليا. ويسهم خريجو هذا البرنامج في تطوير وتطبيق إدارة الأنظمة الصحية والجودة الصحية في المستشفيات والمراكز الصحية وحل المشاكل التي قد تعيق تطبيق إدارة الأنظمة الصحية والجودة الصحية والاستفادة منها. تعتمد الدراسة في البرنامج على مسار المقررات الدراسية والرسالة بالتعاون مع جامعة ليفربول ببريطانيا، ويقضي الطالب أربعة فصول دراسية على الأقل. وتبلغ عدد الوحدات الدراسية ثلاثين وحدة من مقررات الدراسات العليا مضافا إليها ست وحدات للرسالة ليكون المجموع العام للخطة الدراسية ستة و ثلاثين وحدة.
  
  
  
• ماجستير الوبائيات والإحصاء الطبي - كلية الصحة العامة والمعلوماتية الصحية
  تنطلق رسالة برنامج الماجستير في الوبائيات والإحصاء الطبي من أهمية بناء كوادر وطنية عالية التأهيل في مجال تصميم و تطوير لأساليب علم الوبائيات والإحصاء الطبي، إضافة إلى إعطاء الاستشارات الإدارية والتقنية لمؤسسات القطاع الصحي، وإيجاد مؤهلين على درجة عالية من المهارة والمعرفة الإدارية والتطبيقات الحديثة لأساليب الوبائيات والإحصاء الطبي لتولي الوظائف الإشرافية و القيادية في هذه المؤسسات.  هذا بالإضافة إلى نقل وتوطين المعرفة والتقنية الإدارية لأساليب الوبائيات والإحصاء الطبي محليا.ويسهم خريجو هذا البرنامج في تطوير وتطبيق أساسيات الوبائيات والإحصاء الطبي في المستشفيات والمراكز الصحية والمجتمع وحل المشاكل التي قد تعيق تطبيق أساسيات الوبائيات والإحصاء الطبي والاستفادة منها.  تعتمد الدراسة للماجستير على مسار المقررات الدراسية والرسالة بالتعاون مع جامعة ليفربول ببريطانيا، ويقضي الطالب أربعة فصول دراسية على الأقل. وتبلغ عدد الوحدات الدراسية ثلاثين وحدة من مقررات الدراسات العليا مضافا إليها ست وحدات للرسالة ليكون المجموع العام للخطة الدراسية ستة و ثلاثين وحدة.
  
  
  
• ماجستير الصحة العامة - كلية الصحة العامة والمعلوماتية الصحية
  تنطلق رسالة برنامج الماجستير في الصحة العامة من أهمية بناء كوادر وطنية عالية التأهيل في مجال تصميم و تطوير و تطبيق لأساليب الصحة العامة، إضافة إلى إعطاء الاستشارات الإدارية والتقنية لمؤسسات القطاع الصحي، وإيجاد مؤهلين على درجة عالية من المهارة والمعرفة الإدارية و التطبيقات الحديثة لأساليب الصحة العامة لتولي الوظائف الإشرافية و القيادية في هذه المؤسسات.هذا بالإضافة إلى نقل وتوطين المعرفة والتقنية الإدارية لأساليب الصحة العامة محليا. تعتمد الدراسة في البرنامج على مسار المقررات الدراسية والرسالة بالتعاون مع جامعة ليفربول ببريطانيا، ويقضي الطالب أربعة فصول دراسية على الأقل. وتبلغ عدد الوحدات الدراسية ثلاثين وحدة من مقررات الدراسات العليا مضافا إليها ست وحدات للرسالة ليكون المجموع العام للخطة الدراسية ستة و ثلاثين وحدة.
  
  
  
• ماجستير الأخلاقيات الحيوية - كلية الصحة العامة والمعلوماتية الصحية