تم إنشاء المركز بقرار من مجلس الجامعة في اجتماعه الثاني للعام 1429/1430هـ، وقد جاء إنشاء المركز في سياق اهتمام الجامعة بموضوع الصحة الالكترونية، حيث سبق وأن بادرت الجامعة باحتضان الجمعية العلمية السعودية للمعلوماتية الصحية، واستضافت في عام 1429هـ (2008) المؤتمر الدولي للصحة الالكترونية، وتعمل على الإسهام في تعليم وتدريب الكوادر المؤهلة في مجال الصحة الالكترونية وتطبيقاتها، والمتمثلة في أنظمة المعلومات الصحية، وإدارة المعلومات الصحية، وأنظمة إدارة الموارد، والهندسة الطبية الرقمية، والطب الاتصالي، والملف الطبي الإلكتروني.

ستسعى الجامعة من خلال هذا المركز إلى التميز البحثي العلمي والعملي في مجالات المعلوماتية الصحية على مستوى عالمي، وتوظيفها في بناء مجتمع المعرفة، وتأمل في ريادة عالمية في مجالات المعلوماتية الصحية من خلال الإبداع والتميز، والإسهام في بناء اقتصاد وطني مبني على المعرفة، ويهدف المركز إلى:

• القيام بنشاطات بحثية وعلمية نوعية ومركزة في مجالات المعلوماتية الصحية ذات أهمية وطنية وبعد استراتيجي.
  
• تهيئة البيئة البحثية والعلمية الملائمة، من أجل تمكين الباحثين وطلاب الدراسات العليا من إجراء البحوث المبتكرة، وتطوير تقنيات متقدمة لتتبوأ  المملكة مركزا قياديا في مجالات المعلوماتية الصحية. 
  
• تحقيق التكامل والترابط بين الباحثين والخبراء في الجامعات وفي القطاعات الصحية  والصناعية في مجال المعلوماتية الصحية.
  
• تعزيز العلاقة بين القطاعات الحكومية والقطاع الخاص والمستثمرين وأصحاب الأبحاث المتميزة في مجال المعلوماتية الصحية.
  
• تعزيز التعاون في مجالات البحوث في المعلوماتية الصحية بين الجامعات السعودية والجامعات والمراكز البحثية العالمية المتميزة.
  
• العمل على استقطاب رؤوس الأموال للاستثمار في المشاريع المنبثقة عن الأفكار البحثية المتميزة في مجال المعلوماتية الصحية، مما سيعود على القطاعات الصحية بالنفع.
  
• عمل دراسات جامعية مشتركة مع جامعات محلية، وإقليمية، وعالمية.