حرصا من الجامعة على توفير البيئة العلمية لمناقشة جديد البحوث العلمية في مجالات الطب والتخصصات الصحية، فقد سعت الجامعة إلى إنشاء وتطوير عدد من الجمعيات العلمية المتخصصة في الحقول العلمية للبرامج الأكاديمية في الجامعة، وهي:   

• الجمعية العلمية السعودية للمعلوماتية الصحية والتي تم تأسيسها في 28 جمادى الثانية 1426هـ الموافق 4 أغسطس 2005م، وتهدف الجمعية إلى تنمية الفكر العلمي في مجال المعلوماتية الصحية والعمل على تطويره وتنشيطه، وذلك من خلال التواصل العلمي لأعضاء الجمعية، وتطوير أدائهم العلمي والمهني، وتبادل الإنتاج العلمي والأفكار العلمية في مجال المعلوماتية الصحية بين الهيئات والمؤسسات المعنية داخل المملكة وخارجها، وإعداد الضوابط العامة لأخلاقيات وممارسة المهنة.
  
  
  
• الجمعية العلمية السعودية للصحة العامة التي تم تأسيسها في 23 جمادى الثانية 1426هـ الموافق 30 يوليو 2005م، وتهدف إلى تنمية الفكر العلمي والمهني في مجال الصحة العامة والعمل على تطويره وتنشيطه، وتحقيق التواصل العلمي لأعضاء الجمعية، وتقديم المشورة العلمية في مجال التخصص، مع السعي من أجل تطوير الأداء العلمي والمهني لأعضاء الجمعية، وتيسير تبادل الإنتاج العلمي والأفكار العلمية في مجال اهتمامات الجمعية بين الهيئات والمؤسسات والجمعيات العلمية المعنية داخل المملكة وخارجها، مع تأصيل الضوابط العامة لأخلاقيات وممارسة تخصص الصحة العامة والمساهمة في وضع معاييرها، والمساهمة في نشر التوعية و الثقافة الصحية لمجال الصحة العامة بين العاملين في القطاع الصحي وبين أفراد المجتمع، وهي في سبيل ذلك تسعى لأن تكون مظلة للعاملين في مجال الصحة العامة والعلوم الأساسية والتطبيقية ذات العلاقة لتبادل المعلومات والخبرات للاستفادة من تطبيقات الصحة العامة في الجوانب الوقائية والبحثية.
  
  
  
• الجمعية العلمية السعودية لزراعة الأعضاء والتي تم تأسيسها في 28 جمادى الثانية 1426هـ الموافق 4 أغسطس 2005م، وتهدف إلى تطوير المعارف النظرية والتطبيقية وتقديم الاستشارات والدراسات العلمية والتطبيقية، وتنمية الفكر العلمي في مجال زراعة الأعضاء والعمل على تطويره، وتحقيق التواصل العلمي لأعضاء الجمعية، وتأصيل الضوابط العامة لأخلاقيات وممارسة المهنة.
  
  
  
• الجمعية العلمية السعودية لزراعة الخلايا الجذعية والتي تم تأسيسها في 27 محرم 1429هـ الموافق 4 فبراير 2008م، وتهدف إلى تطوير المعارف النظرية والتطبيقية وتقديم الاستشارات والدراسات العلمية والتطبيقية، وتنمية الفكر العلمي في مجال زراعة الخلايا الجذعية والعمل على تطويره، وتحقيق التواصل العلمي لأعضاء الجمعية، وتأصيل الضوابط العامة لأخلاقيات وممارسة المهنة.
  
  
  
• الجمعية العلمية السعودية للإصابات والحوادث والتي تم تأسيسها في 5 رجب 1429هـ الموافق 8 يوليو 2008م تهدف إلى تطوير المعارف النظرية والتطبيقية وتقديم الاستشارات والدراسات العلمية والتطبيقية، كما تعمل على تنمية الفكر العلمي في مجال التعامل مع الإصابات الناتجة عن الحوادث وما ينتج عنها من كسور، والعمل على تطوير هذا العلم بما يستجد من نظريات، وتحقيق التواصل العلمي لأعضاء الجمعية، وتأصيل الضوابط العامة لأخلاقيات وممارسة المهنة.
  
  
  
• الجمعية العلمية السعودية لجودة الأداء وإدارة المخاطر في المنشآت الصحية والتي تم تأسيسها في 2 جمادى الثانية 1431هـ الموافق16 مايو 2010م، وتهدف الجمعية إلى تطوير مفاهيم وأساليب جودة الأداء ، وتعزيز ثقافة الجودة من الناحيتين النظرية والتطبيقية في المنشآت الصحية والعمل على تصميم وتنفيذ البرامج والفعاليات التي تساهم في تحقيق أهداف الجمعية. كما تسعى الجمعية إلى الوصول إلى أعلى المعايير المهنية في مجال جودة الأداء وإدارة المخاطر الصحية، وأن تكون الجمعية مرجع علمي وبيت خبرة في هذا المجال.