يُعد قسم الشؤون الأكاديمية أحد الأقسام المحورية في كلية العلوم الطبية التطبيقية بجدة، حيث يتولى الإشراف على تنظيم وإدارة الشؤون الأكاديمية للبرامج التعليمية، وضمان سير العملية التعليمية بكفاءة وجودة عالية. ويعمل القسم على التنسيق المستمر مع البرامج الأكاديمية والأقسام المساندة والجهات ذات العلاقة داخل الكلية وخارجها، بما يسهم في تحقيق أفضل المخرجات التعليمية.
وتشمل مهام القسم الإشراف على التخطيط الأكاديمي للعام الدراسي بمراحله المختلفة، بدءًا من الإعداد للعام الأكاديمي، مرورًا بمتابعة تنفيذ الجداول الدراسية والاختبارات وإدارة أنظمة التعلم ( Academia, SIS Student Tracking System, Blackboard) وانتهاءً بإجراءات التخرج وإقفال العام الأكاديمي. كما يضطلع القسم بإدارة شؤون أعضاء هيئة التدريس، وتحديث بياناتهم، ومتابعة التنسيقات المتعلقة بالتكليفات الأكاديمية والمطالبات المالية، إضافة إلى دعم الطلاب والطالبات في مختلف الإجراءات الأكاديمية.
ويقوم قسم الشؤون الأكاديمية بدور حلقة الوصل بين الطلاب والطالبات وأعضاء هيئة التدريس والإدارات المعنية، بما يضمن انسيابية العمل الأكاديمي، والالتزام باللوائح والسياسات المعتمدة، ودعم متطلبات الجودة والاعتماد الأكاديمي، والمساهمة في توفير بيئة تعليمية محفزة تحقق تجربة تعليمية متميزة
​